Spółka, o pierwotnej nazwie „Agencje Celne PKP CARGO sp. z o.o." z siedzibą w Warszawie, została powołana Uchwałą nr 164 Zarządu PKP CARGO S.A. z dnia 26 lutego 2002 r. Pod obecną nazwą „PKP CARGO SERVICE sp. z o.o.", (przyjętą Uchwałą Nr 40/2004 Zarządu PKP CARGO S.A. z dnia 10 listopada 2004 r.) Spółka występuje od dnia 16 marca 2005 r.

PKP CARGO SERVICE sp. z o.o. jest dedykowaną spółką, wchodzącą w skład Grupy PKP CARGO S.A., powołaną do kompleksowej obsługi bocznic kolejowych. Do 2012 r. spółka prowadziła sieć agencji celnych i świadczyła usługi graniczne oraz specjalizowała się w logistyce kruszyw. Obecnie, zgodnie z Aktem założycielskim, realizuje usługi w zakresie kompleksowej obsługi bocznic kolejowych oraz - na podstawie posiadanych licencji - prowadzi przewozy kolejowe rzeczy, a także świadczy usługi trakcyjne.

Działalność usługowa wspomagająca transport lądowy obejmuje swoim zakresem głównie wykonawstwo usług manewrowych na obszarze bocznic. Stosownie do wydanych przez organy korporacyjne decyzji właścicielskich PKP CARGO SERVICE sp. z o.o., zainicjowana w drugiej połowie roku 2009 działalność w tym obszarze usług, w roku 2010 została ukierunkowana na aktywne uczestnictwo spółki w postępowaniach przetargowych na kompleksową obsługę bocznic kolejowych. Dokonane zostały niezbędne zmiany w zakresie dostosowania kompetencji organów spółki do zaciągania zobowiązań wynikających z potrzeb zawieranych umów wykonawczych. Wieloletnie doświadczenie i solidna praca zaowocowały długoletnimi kontraktami. Partnerzy biznesowi obdarzyli spółkę zaufaniem i regularnie realizowane są kolejne usługi związane z kompleksową obsługą bocznic.

Od 2012 r. spółka realizuje przewozy węgla przeznaczonego do przeróbki lub wzbogacania, a także piasku podsadzkowego dla kopalń węgla kamiennego (w początkowej fazie swojej działalności), odpadów poprodukcyjnych i innych. Wychodząc naprzeciw zmieniającym się potrzebom klientów oraz biorąc pod uwagę warunki rynkowe, PKP CARGO SERVICE na bieżąco poszerza zakres wykonywanych usług. Na przestrzeni kolejnych lat działalności Spółka poszerzyła wachlarz swoich usług o przewozy kęsów stalowych, ubocznych produktów spalania do utylizacji. Wprowadziła też usługi specjalistyczne, takie jak transport elementów zabudowy rozjazdów kolejowych. Poza działalnością w dziedzinie obsługi bocznic i przewozów Spółka oferuje również dodatkowe świadczenia np. techniczną obsługę przekaźników sterowania ruchem kolejowym (dawniej legalizacji).

Połączenie potencjału Grupy PKP CARGO i wysoko wykwalifikowanej kadry specjalistów PKP CARGO SRVICE pozwoliło stworzyć firmę, która oferuje kompleksowy pakiet usług, dostosowany do indywidualnych potrzeb odbiorców oraz zapewnia optymalizację kosztów i dbałość o czas realizacji usługi, czyli wszystko to, co w transporcie ma kluczowe znaczenie.